Matthias Zimmer wurde in Marburg geboren und absolvierte sein Studium der Politikwissenschaft, Neueren Geschichte und des Völkerrechts in Trier, Pennsylvania und München. Zwischen Von 1994 bis 1998 nahm er eine Position als DAAD-Gastprofessor an der University of Alberta in Kanada ein, gefolgt von einem Jahr als Lehrbeauftragter an der Technischen Universität Darmstadt (1998-1999). Matthias Zimmer war von 2009 bis 2021 Mitglied im Deutschen Bundestag und von 2017 bis 2018 Vorsitzender des Ausschusses für Menschenrechte und humanitäre Hilfe. Im Jahr 2006 erlangte Zimmer seine Habilitation an der Universität zu Köln unter der Betreuung von Thomas Jäger mit einer Arbeit über „Moderne, Staat und Internationale Politik“. Im Jahr 2013 wurde ihm die Ehrenprofessur für internationale Politik und Außenpolitik verliehen.

Zimmer veröffentlichte neben seinen zahlreichen wissenschaftlichen Arbeiten auch eine Reihe literarischer Werke, wie Kriminalromane und Romane, zu denen unter anderen Morandus (2021) und Calixt (2023) gehören.

Matthias Zimmer verstarb am 19. Juli 2023 nach langer schwerer Krankheit im Alter von 62 Jahren.